侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆由华南理工大学设计，整个设计以震憾人心的方式表达了30万遇难者的悲愤和中华民族的愤怒，以及对世界和平的期望，其中，墙、伤痕、死亡之庭、碑林、烛之路为五大设计亮点。

　　1、整体造型“折断的军刀”

　　据了解，华南理工大学建筑学院院长、中国工程院何镜堂院士是设计方案的领头人。据介绍，整个扩建后的纪念馆将以“军刀”造型展现众人面前。由于纪念馆扩建用地呈狭长的船形，因此赋予其弯刀的理念，用“军刀”表达杀戮的主题，象征日本帝国主义在中国犯下的滔天罪行，以深埋在土中的折断的军刀寓意日本法西斯侵华企图的破灭，表达正义战胜邪恶的理念。

　　2、百国文字写上哭墙

　　在建筑功能是，观众经过“序曲——铺垫——高潮——尾声”的顺序经过入口广场、新建纪念馆、重组的纪念馆遗址与冥想厅，最后是纪念公园，将经历一次心灵的洗礼。

在入口广场、在新建纪念馆屋顶两侧、在纪念公园的水池旁，都设计了长长的墙体。这些墙体或以文字、或以浮雕、或以扭曲转折的形态、或以其围合的绝望封闭的空间来无声地诉说这块土地上发生过的悲剧。参观者在入口处将会看到长明火把，接着映入眼帘的是哭墙，哭墙上用100个国家的文字写下“300000遇难同胞纪念馆”。

　　3、枯树卵石象征哭诉

　　接下来游客参观到的是新建纪念馆，它的开窗方式采用了类似伤痕的处理手法，既符合纪念建筑独特的采光需要，也凸显了场所精神中的杀戮主题。之后的“死亡之庭”则以无生命特质的枯树、卵石布满场地，人踩在上面能听到沙沙之音，象征着无声的血泪控诉。接着，参观者进入万人坑，将亲身感受到杀戮现场，到达参观的高潮，设计者着意在万人坑旁边增设碑林，以高矮不一的坟墓营造祭场的感觉、国殇的气氛。此后，游人将沿着墓道般的入口，进入以烛光之路为主题的“冥想厅”。相对而立的两面巨大的镜子让漂浮于水面上的烛光无限延伸。

在最后的和平公园，有一条长长的水道通向纪念碑，缓缓流动的水象征了“期望和平”的意境。公园内建有南京大屠杀遇难同胞纪念碑，纪念碑以黑色花岗岩为基座，透明水晶体顶端消失在空中，为亡灵铺就通天之路。纪念碑形状如“犁”，以铸剑为犁的设计理念寓意不再有战争。

　　4、新旧两馆能互相融合

　　纪念馆现有部分是上世纪80年代修建的，面积为1万多平方米，而新馆要扩建到7万平方米。由于新建部分面积较大，为避免对原有建筑产生压迫感，采用“体量消隐”的设计手法，在西侧将新增的馆藏交流部分建筑体量化整为零，在东侧将新建纪念馆结合悼念广场设计，将建筑融合于景观，从而与原有建筑取得协调。

　　5、扩建为申遗扫清障碍

　　南京大屠杀与波兰奥斯维集中营惨案、日本广岛原子弹爆炸并称为二战史上“三大惨案”，其中奥斯维集中营惨案、日本广岛原子弹爆炸处建造的和平公园已先后列入世界文化遗产。根据联合国教科文组织要求，凡申报世界文化遗产目录的项目，占地面积必须在5.33公顷以上，而扩建后南京大屠杀遇难同胞纪念馆的面积将增至7.4公顷，为下一步争取列入世界文化遗产奠定了基础。